中国水产科学研究院淡水渔业研究中心是我国重要的集科学研究、教育培训和信息交流于一体的综合性科研机构，地处中国著名的旅游城市无锡，现有职工325人，其中有中国工程院院士1人，中国水产科学研究院首席科学家2人，中高级专业技术人员170多人。中心的科学研究以水产应用基础和应用技术研究为主，重点在水产养殖基础生物学和遗传育种、渔业生物多样性保护与种质资源保存、渔业水域生态环境监测与保护、渔业资源调查评估与管理、渔业重大病害灾变预警与控制、水产养殖容量和健康养殖、水产养殖对象营养学、渔业信息技术等8个优势学科。现建有“农业部水生动物遗传育种和养殖生物学重点开放实验室”和“中国水产科学研究院内陆渔业生态环境和资源重点开放实验室”等两个重点实验室。内设生物技术、大水面增养殖、渔业环境保护、水产养殖、水产病害与饲料、渔业经济和信息中心等6个研究室以及科研实验基地等。始终以面向渔业生产主战场为宗旨，通过人工培育鲤鱼新品种--建鲤、高雄性罗非鱼技术、银鱼移殖增殖技术、综合养鱼技术、虾蟹苗种培育技术和鳗鱼养殖技术等的推广，不仅使广大贫困农渔民脱贫致富，同时产生了巨大的社会效益。近30年来，共承担了国家、部、省等各级科研项目和国际合作项目250多项，获得各级成果奖励95项，其中国家级5项，二等奖2项、三等奖3项；省部级24项，一等奖2项、二等奖22项；发表学报级论文200多篇，学术专著60本。为我国内陆渔业的科研和科技成果转化提供了强有力的支撑。

　　目前，中心共主持、承担各类科研项目190项，在研课题合同总经费达6346.50万元。其中共主持、承担“973”计划2项，国家科技支撑计划专题10项，“863”计划1项，国家自然科学基金2项，国家科技基础条件平台专项2项，农业行业专项1项，跨跃计划1项，农业结构调整重大专项1项，优势农产品推广计划1项，国家和部级其他项目58项（其中：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项40项），标准制修订项目5项，国际合作项目6项，江苏省科技计划、省水产三项工程等省级计划项目17项，无锡市科技计划等地方其它项目13项，部、院重点实验室开放课题等其它项目计划70项，许多科研项目取得不小进展。

　　在资源保护及利用领域，完成长江中下游水产种质资源标准化整理、整合与共享。一是完成奥利亚罗非鱼、建鲤、黄鳝、铜鱼、翘嘴红鲌、花鱼骨、似剌鳊鮈、鳜鱼、尼罗尖吻鲈等的基本信息、分类信息、保存信息、数量性状、生长特性、繁殖特性、肌肉成分、氨基酸组成、常见疾病和染色体测定及遗传信息。二是20个标本品种完成基本信息、分类信息、保存信息、标本信息、引进种引进信息的收集。三是完成21个品种的DNA保存，基本信息、分类信息、保存信息、基因信息、引进种引进信息的审核和录入，7个品种的著书材料编写工作，珠江所鱼类网络标本馆。

　　在生物技术领域，一是罗非鱼性别调控基础研究：构建了罗非鱼不同组织和不同发育阶段胚胎cDNA文库；提取了罗非鱼不同组织和不同发育阶段胚胎的总蛋白；分离克隆性别相关的重要调控基因的启动子序列；性别相关基因的时空表达特性分析；性别相关基因的原核表达，产物纯化和分析。二是大珠母贝和江珧苗种规模繁育技术：采用磁珠富集法筛选江珧微卫星序列，总计获得了101个阳性克隆，87个克隆含有微卫星序列，其中完美型67个，占66.3%，不完美型25个，占24.8%，混合型9个，占5%；微卫星的重复次数主要集中于5次~30次之间，占82.4%，最高重复次数为84次。在分析侧翼序列的基础上，设计了38对微卫星引物，经PCR筛选，有27对能扩增出目的片断，其中24对在群体中具有多态性。

　　在水产遗传育种领域，一是罗非鱼大规格鱼种规模化培育与生态养殖技术研究：良种选育及扩繁：遗传背景分析及不同品系分子标记研究，良种生态适应性研究，饲料配方及投喂策略研究及排泄物对养殖水体的影响，开展三种药物药代动力学研究。生态养殖技术：开展大规格罗非鱼生态养殖模式示范。加工技术：建立鱼片液熏工艺技术、液熏鱼片中苯并芘残留量的检测技术和熏制罗非鱼片的品质控制体系。质量监控体系：考查确定养殖及加工试点企业，编制罗非鱼养殖质量安全管理技术与控制指南。饲料开发：完成饲料开发现状调查，建立主要饲料原料生物利用率数据库，以重组鱼类几丁质酶为主要成分的罗非鱼饲料添加剂的制备。产业信息平台建设：完成2006年产业技术经济数据采集，产业数据库设计及原始数据采集处理系统开发。二是建鲤的遗传改良及其育种新技术的研究：在前期家系选育一代的培育和标记个体混合生长比较的基础上，对不同家系的标记个体的生长性状进行测定和比较分析。根据数量遗传学原理，依据家系、个体的生长表现和血缘关系，采用BLUP方法最终确定了鲤鱼家系选育二代选育和对照家系亲本配对繁殖的设计方案。进行了90个选育家系和20个对照家系的配对繁殖，成功建立了F2选育家系81个和对照家系19个。对81个鲤鱼家系选育二代和19个对照家系的后代在基本相同的条件下进行了室内家系隔离培育、个体标记和标记后的大塘混合养殖试验。进行家系选育二代标记个体生长性状的最终测定和分析比较；在云南、江苏和山东省选点开展了家系选育(二代)与普通选育建鲤的养殖户生产对比试验，试验面积达到150亩。为项目实施后期的推广示范打下了基础。三是高产优质青虾新品系选育：对6个地理种群的日本沼虾进行了遗传多样性分析。首次测定了长度为1763bp的日本沼虾ITS-1全序列，是迄今已报道的最长的ITS-1序列，同时筛选了青虾SNP位点76个。采用磁珠富集法筛选日本沼虾微卫星序列，获得了95个阳性克隆，78个克隆含有微卫星序列。在分析侧翼序列的基础上，设计了40对微卫星引物，经PCR筛选，有32对能扩增出目的片断，其中20对在群体中具有多态性。筛选优良杂交组合1个；青虾育种材料2个。青虾育种技术研究：建立了人工繁殖、杂交和个体标记技术、青虾育种BLUP育种值评估技术、安全有效麻醉技术等。制定了选育方案，建立了35个家系，进行了第一代选育；生长速度提高5%，成活率提高10%。建立了用于家系选育的水泥池100个，共计1500平方米。

　　在养殖技术领域，一是青虾优质高效养殖技术研究与示范：以优质野生青虾以及杂交选育青虾为亲本，进行规模化育苗技术研究，包括亲本捕捞、亲本运输、高产高效育苗、虾苗批量捕捞和运输等技术研究，建立了优质虾苗的规模化生产技术，平均亩产虾苗超过100万尾。比较各种主养和混养模式的养殖效果，优化虾苗放养密度和时间，筛选优质高效饲料，改进池塘条件和日常管理，确定合理的混养比例。通过高产高效养殖技术研究，示范组比对照组平均亩产提高15%，经济效益提高15%。综合运用微生态制剂和水草的功能，改善池塘水质，优化生长环境，示范区青虾池塘养殖排水达到“淡水池塘废水排放标准”，示范区未发生病害。建立青虾苗种提早繁育和延后繁育技术，通过部分池塘提前或延后放养虾苗，最大限度增加青虾上市时间段，同时建立青虾高效低损伤池塘储养技术，实现了养殖青虾的全年均衡上市。技术中试和集成组装，初步建立了青虾安全、生态、优质、高效养殖模式。示范养殖2.5万亩；制定相关技术操作规程2个；建立了150亩青虾养殖试验基地。二是青虾优良品系的规模化繁育和产业化示范：核心技术“雌、雄种虾批量分拣配种技术”的中试与熟化：经过研究与试验，雌、雄种虾批量分拣配种技术取得突破，在大浦水产基地中试取得预期效果，使用这项技术后，种虾雌、雄个体能迅速被分拣开，既保证了配种的准确性，又提高了工作效率，尤其减少了挑选过程中对种虾的伤害，能满足规模化生产的要求。核心技术“种内杂交技术”的中试熟化，青虾种内杂交技术得到优化，中试效果良好。生产性实验中，已经将雌、雄种虾批量分拣配种、种内杂交等核心技术及配套技术组装运用，实现了产业化关键技术链接，取得较好效果。规模化育苗：规模化育苗平均亩产110万尾，繁育良种青虾苗2.0亿尾。在江苏、浙江等青虾养殖集中地区，示范养殖6030亩，其中单养3010亩，套养3020亩。