为提高动物卫生监管执法水平和动物防疫公共服务能力，促进畜牧业发展和农民增收，2005年以来，安徽省桐城市实施了较为全面、系统的兽医体制改革，逐步建立起科学、统一、透明、高效的兽医管理体制和运行机制，建立健全了动物疫病防控的长效机制，提高了兽医管理机构依法行政能力和水平，促进了动物卫生工作的全面开展。
　　健全兽医行政管理机构。将桐城市畜牧兽医局列为市农委二级副科级行政管理机构，其主要职责为贯彻执行动物卫生方面的法律法规、方针政策和全市畜牧业发展规划。研究制定全市行政区域内重大动物疫病防控计划，指导、监督、扑灭疫情，管理全地区动物防疫、检疫工作，负责兽医医政、药政和官方兽医及执业兽医管理和兽医实验室生物安全管理等工作。
　　健全兽医行政执法机构。组建桐城市动物卫生监督所，其主要职责为依法实施动物防疫监督、动物及动物产品检疫和兽药饲料生产经营监管等牧业行政执法工作。
　　健全兽医技术支持体系。按照"统筹规划、整合资源、明确职责、合理布局"的原则，整合现有畜牧、兽医技术机构和资源，设置桐城市动物疫病预防与控制中心和桐城市畜牧兽医技术推广站，一套机构，两块牌子。其主要职责为负责实施动物疫病监测、预警、预报、实验室诊断，承担动物流行病学调查、疫情报告编制并上报，提出重大动物疫病防控技术方案并组织实施，承担动物疫病预防技术指导、技术培训、科普宣传，承担动物产品安全相关技术检测工作。同时，还承担公益性技术推广职能，负责畜牧业重大技术的试验、示范和推广，参与畜禽饲养、草业、品种改良等地方标准和技术规范的制定和组织实施，提出畜牧业发展的重要技术措施，开展畜牧业职业技能鉴定。
　　加强基层动物防疫体系建设。依行政区划，按镇、街道设立畜牧兽医站，其人员、业务、经费由市畜牧兽医局统一管理。镇、街道畜牧兽医站的主要职责为宣传贯彻畜牧业法律法规和相关政策，开展畜禽养殖技术推广，承担辖区内动物强制免疫的监督实施及辖区的动物及动物产品检疫。负责区域内的兽药、饲料、饲料添加剂、畜产品质量安全监督管理和动物疫情调查、疫情测报等政府公益性职能，协助市畜牧兽医局开展行业监督管理、畜牧业生产统计工作，指导村级动物防疫员开展动物防疫工作。进一步完善村级动物防疫体系建设，全市共聘用村级防疫员182名，村级防疫员主要职责为实施动物免疫注射，发放免疫证明，填写免疫登记表，对猪、牛、羊加挂耳标，负责动物疫情观察报告，协助做好产地检疫、动物疫情调查、畜牧业生产统计和病死畜禽无害化处理，承担普查、消毒、扑灭重大动物疫情等工作任务。
　　建立公共财政保障机制和动物防疫应急储备制度。将兽医行政管理、动物卫生监督、动物疫病预防控制和畜牧兽医技术推广机构所需经费纳入财政全额预算管理，保证其人员经费和日常运转费用。其依法收取的行政事业性收费一律上缴财政，实行收支两条线管理。对经费使用情况要加强监督管理，确保专款专用。
    同时，建立起市镇两级应急防疫物资储备库，对应急设施、设备、疫苗、药品、防护用品、交通、通讯工具等有关物资进行储备，所需经费列入市级财政预算。市财政设立了动物应急防疫储备金，主要用于突发重大动物疫情确认、疫区封锁，扑杀，消毒，无害化处理，紧急免疫，疫情追踪与监测等疫情处理工作及强制扑杀畜禽的补助。