（2006年1月16日农业部第3次常务会议审议通过，中华人民共和国农业部令第 59 号发布，自2006年7月1日起实施）

　　第一条　为了加强农业转基因生物加工审批管理，根据《农业转基因生物安全管理条例》的有关规定，制定本办法。
　　第二条　本办法所称农业转基因生物加工，是指以具有活性的农业转基因生物为原料，生产农业转基因生物产品的活动。
　　前款所称农业转基因生物产品，是指《农业转基因生物安全管理条例》第三条第（二）、（三）项所称的转基因动植物、微生物产品和转基因农产品的直接加工品。
　　第三条　在中华人民共和国境内从事农业转基因生物加工的单位和个人，应当取得加工所在地省级人民政府农业行政主管部门颁发的《农业转基因生物加工许可证》（以下简称《加工许可证》）。
　　第四条　从事农业转基因生物加工的单位和个人，除应当符合有关法律、法规规定的设立条件外，还应当具备下列条件：
　　（一）与加工农业转基因生物相适应的专用生产线和封闭式仓储设施。
　　（二）加工废弃物及灭活处理的设备和设施。
　　（三）农业转基因生物与非转基因生物原料加工转换污染处理控制措施。
　　（四）完善的农业转基因生物加工安全管理制度。包括：
　　1．原料采购、运输、贮藏、加工、销售管理档案；
　　2．岗位责任制度；
　　3．农业转基因生物扩散等突发事件应急预案；
　　4．农业转基因生物安全管理小组，具备农业转基因生物安全知识的管理人员、技术人员。
　　第五条　申请《加工许可证》应当向省级人民政府农业行政主管部门提出，并提供下列材料：
　　（一）农业转基因生物加工许可证申请表（见附件）；
　　（二）农业转基因生物加工安全管理制度文本；
　　（三）农业转基因生物安全管理小组人员名单和专业知识、学历证明；
　　（四）农业转基因生物安全法规和加工安全知识培训记录；
　　（五）农业转基因生物产品标识样本；
　　（六）加工原料的《农业转基因生物安全证书》复印件。
　　第六条　省级人民政府农业行政主管部门应当自受理申请之日起20个工作日内完成审查。审查符合条件的，发给《加工许可证》，并及时向农业部备案；不符合条件的，应当书面通知申请人并说明理由。
　　省级人民政府农业行政主管部门可以根据需要组织专家小组对申请材料进行评审，专家小组可以进行实地考察，并在农业行政主管部门规定的期限内提交考察报告。
　　第七条　《加工许可证》有效期为三年。期满后需要继续从事加工的，持证单位和个人应当在期满前六个月，重新申请办理《加工许可证》。
　　第八条　从事农业转基因生物加工的单位和个人变更名称的，应当申请换发《加工许可证》。
　　从事农业转基因生物加工的单位和个人有下列情形之一的，应当重新办理《加工许可证》：
　　（一）超出原《加工许可证》规定的加工范围的；
　　（二）改变生产地址的，包括异地生产和设立分厂。
　　第九条　违反本办法规定的，依照《农业转基因生物安全管理条例》的有关规定处罚。
　　第十条　《加工许可证》由农业部统一印制。
　　第十一条　本办法自2006年7月1日起施行。